Pokud jste se připojili k projektu, který má stejný název na dvou různých serverech Version Cue, Version Cue může vytvořit více kopií složky, které vypadají jako složka lokálních souborů projektu daného projektu, ale ve skutečnosti jsou to složky lokálních souborů projektu dvou různých projektů, ke kterým se připojujete z různých serverů. Version Cue pojmenuje tyto složky názvem projektu a číslem (například projekt_001, projekt_002). Tyto složky můžete odstranit po uložení verzí svých lokálních souborů projektu na server Version Cue. (Nebo můžete vícenásobné složky lokálních souborů projektu jednoduše ignorovat.)
Chcete-li odstranit složky lokálních souborů projektu, pomocí Adobe Bridge se odpojte od každého z projektů (viz Odpojení od projektů).