Voit poistaa Version Cue -projektin Bridgessä tai missä tahansa Version Cueta tukevassa Adobe Creative Suite -sovelluksessa tai käyttämällä Version Cue Server Administrationia. Et voi poistaa projektia, jos yhdelläkin käyttäjällä on tiedostoja, joissa on merkintä Kirjattu ulos tai Käytössä (Acrobat).
Kun projekti poistetaan, sen kaikki tiedostot (myös versiot) ja kansiot katoavat pysyvästi Version Cue -palvelimesta ja projektin ja paikallisten projektitiedostojen pikakuvakkeet häviävät tietokoneesta. (Toisten käyttäjien tietokoneisiin luotuja paikallisia projektitiedostoja ei kuitenkaan poisteta, ennen kuin käyttäjät katkaisevat yhteyden poistettuun projektiin.)