Version Cue -tiedostonhallinta, jonka avulla käsitellään Version Cue -projekteja, on oletusarvon mukaan käytössä Bridge CS3:ssa ja kaikissa Version Cueta tukevissa Creative Suite -sovelluksissa Flashia ja Acrobat 8:aa lukuun ottamatta. (Flashissa ja Acrobat 8:ssa Version Cue -tiedostonhallinta täytyy aina ottaa käyttöön tai poistaa käytöstä manuaalisesti.)
Jos Version Cue -tiedostonhallinta poistetaan käytöstä yhdessä Creative Suite -sovelluksessa, se ei toimi missään muussakaan Version Cueta tukevassa Creative Suite -sovelluksessa Acrobatia, Flashia ja Bridgeä lukuun ottamatta. Jos Version Cue -tiedostonhallinta poistetaan käytöstä Bridgessä, se ei toimi missään muussakaan Version Cueta tukevassa Creative Suite -sovelluksessa Acrobatia ja Flashia lukuun ottamatta.
Kun Version Cue -tiedostonhallinta on poistettu käytöstä, mikään Version Cue -palvelimissa sijaitsevista Version Cue -projekteista ei ole käytettävissä.