אם ניגשתם לפרוייקט באותו שם בשני שרתי Version Cue, ייתכן ש- Version Cue תיצור עותקים מרובים של מה שמוצג כתיקיית הקבצים המקומיים של הפרוייקט, אך למעשה אלה הן תיקיות קובצי פרוייקט מקומיים של שני פרוייקטים שונים, שניגשו אליהם משרתים שונים. Version Cue נותנת לתיקיות את שם הפרוייקט ומספר (לדוגמה, project_001, project_002). ניתן למחוק תיקיות אלה לאחר שמירת גרסאות של קובצי הפרוייקט המקומיים בשרת Version Cue. (ניתן גם פשוט להתעלם מהתיקיות המרובות של קובצי הפרוייקט המקומיים).

למחיקת תיקיות של קובצי פרוייקט מקומיים, היעזרו ב- Adobe Bridge כדי לנתקן מכל אחד מהפרוייקטים (ראו ניתוק מפרוייקטים).