A Version Cue-projekteket törölheti a Bridge programban, az Adobe Creative Suite Version Cue-kompatibilis összetevőiben vagy a Version Cue Kiszolgálófelügyelet használatával. Nem törölhet olyan projektet, amelynek valamely fájlját egy felhasználó megjelölte kivettként vagy használatban levőként (Acrobat).
A projekt törlésekor annak fájljai (a verziókkal együtt) és mappái véglegesen törlődnek a Version Cue-kiszolgálóról, csakúgy, mint a projektre mutató parancsikonok és a számítógépen található helyi projektfájlok. (A más felhasználók számítógépén létrehozott helyi projektfájlokat a rendszer mindaddig nem törli, míg a felhasználók nem bontják a kapcsolatot a törölt projekttel.)