Du kan slette et Version Cue-prosjekt i Bridge, i en Adobe Creative Suite-komponent som har Version Cue aktivert, eller i Administrasjon av Version Cue CS3-server. Du kan ikke slette et prosjekt hvis en bruker har filer som har statusen Sjekket ut eller I bruk (Acrobat).
Når du sletter et prosjekt permanent, slettes alle filene (inkludert versjoner) og mappene for prosjektet på Version Cue-serveren. Snarveier til prosjektet og de lokale prosjektfilene på datamaskinen din slettes også. (Lokale prosjektfiler som er opprettet på datamaskinene til andre brukere, slettes ikke før disse brukerne kobler fra det slettede prosjektet.)