Als u een project met dezelfde naam hebt geopend op twee verschillende Version Cue-servers, is het mogelijk dat Version Cue verschillende kopieën lijkt te maken van de projectmap met lokale projectbestanden; in werkelijkheid zijn dit de mappen met lokale projectbestanden van de twee projecten die werden geopend vanop de verschillende servers. Version Cue benoemt deze mappen met de projectnaam en een nummer (bijvoorbeeld, project_001, project_002). U kunt deze mappen verwijderen nadat u een versie van uw lokale projectbestanden hebt opgeslagen op de Version Cue-server. (Of u kunt gewoon de verschillende mappen met lokale projectbestanden negeren.)
Om de mappen met lokale projectbestanden te verwijderen, gebruikt u Adobe Bridge om de verbinding met elk project te verbreken (zie Verbinding met projecten verbreken).