Jeżeli otworzysz projekt, który ma taką samą nazwę na dwóch różnych serwerach Version Cue, to Version Cue może utworzyć wiele kopii pozornie tego samego folderu z lokalnymi plikami projektu. W rzeczywistości są to jednak foldery lokalnych plików dla dwóch różnych projektów, pochodzących z różnych serwerów. Version Cue nadaje tym folderom nazwę projektu z dołączonym numerem (np. projekt_001, projekt_002). Po zapisaniu wersji lokalnych plików projektu na serwerze Version Cue można usunąć te foldery. Można też po prostu zignorować dodatkowe foldery plików lokalnych.

Aby usunąć foldery lokalnych plików projektu, uruchom Adobe Bridge i odłącz się od każdego z tych projektów (zobacz Odłączanie się od projektów).