U kunt een Version Cue-project verwijderen in Bridge of in alle Version Cue-compatibele Adobe Creative Suite-toepassingen, of met behulp van Beheer Version Cue-server. Een project kan niet worden verwijderd als een gebruiker bestanden als Uitgecheckt of In gebruik (Acrobat) heeft gemarkeerd.
Door een project permanent te verwijderen worden alle bijhorende bestanden (inclusief versies) en mappen van de Version Cue-server gewist, en worden snelkoppelingen naar het project en de lokale projectbestanden op uw computer gewist. (De lokale projectbestanden die op computers van andere gebruikers zijn gemaakt, worden echter pas verwijderd wanneer ze de verbinding met het verwijderde project verbreken.)